1968 yılında Ankara'da doğmuştur. 15 Nisan 2010'da Millî İstihbarat Teşkilatı müsteşar yardımcılığına getirildi. 25 Mayıs 2010 tarihinde MİT Müsteşarı görevine atandı. Hakan Fidan, evli ve 3 çocuk sahibidir.
Paris Cinayetleri azmettiricisi ve özellikle 15 Temmuz sonrası işlenen adam kaçırma ve işkence suçlarının baş şüphelilerindendir.